Początki miejscowości Nawojowa sięgają 1320 roku. Założył ją, jako wieś rycerską, kasztelan krakowski Nawoj herbu Topór. W XVI stuleciu należała do Piotra Nawojowskiego, który ok. 1580-1590 wzniósł tutaj murowany dwór. Potem dobra te nabył Grzegorz Branicki, a od niego już w 1601 r. Lubomirscy, do których Nawojowa należała do 1713 r. Potem kilkakrotnie zmieniała właścicieli, by wreszcie stać się w 1799 r. własnością hrabiego Franciszka Stadnickiego herbu Szreniawa. Jego potomkowie rozbudowali ją i uczynili z Nawojowej rezydencję rodową.

W czasie II wojny światowej w pałacu stacjonowały wojska okupantów, a w 1945 r. majątek Stadnickich przejęło państwo.