Dzieje Krzcięcic sięgają co najmniej połowy XII wieku. Pierwsza wzmianka o tutejszej parafii pochodzi z 1326 roku. W latach 1470-1480 według Jana Długosza kościół był drewniany i nosił wezwanie św. Prokopa. Po jego pożarze, z inicjatywy Jerzego Niemsty, w latach 1536-1542 muratorzy Albert, Mikołaj i Stanisław zbudowali murowaną świątynię. W 1543 roku ufundowano przy niej prepozyturę i kolegium mansjonarzy. Około 1547 roku przekazano ją kalwinistom. W kolejnych dziesięcioleciach Krzcięcice były jednym z ważniejszych ośrodków reformacji w Małopolsce. Między 1625 a 1643 rokiem katolicy odzyskali miejscowy kościół. W XVIII wieku wybudowano przy nim obecną dzwonnicę. W 1823 roku szczyt zachodni budynku został zniszczony w czasie burzy. Niedługo po tym odbudowano go. W 1880 roku i początku XX wieku miały miejsce gruntowne remonty świątyni, m.in.: w latach 1910-1914 wymieniono całe wyposażenie ruchome na neogotyckie (wyk. Aleksander Łabędzki). W latach 1930-1931 odrestaurowano ją wraz dzwonnicą i ich otoczeniem. Współcześnie, to jest w latach 1996-2000 i 2011-2012 przeprowadzono przy obiekcie szereg prac konserwatorskich i restauratorskich, w wyniku których znacząco poprawiono stan i estetykę zabytku.